Bokšto projektavimas ir statyba – pirmieji bažnyčios atstatymo darbai. Klaipėdos evangelikų liuteronų bendruomenei 2021 metais pasirašius sutartį su UAB „Senamiesčio projektai“ dėl Šv. Jono bažnyčios atstatymo techninio projekto parengimo, Šv. Jono bažnyčios projektavimo darbai buvo suskirstyti į tris etapus. Jų preliminari kaina – 600 tūkst. eurų.
Pirmuoju etapu bus projektuojamas 75 metrų aukščio bažnyčios bokštas. Jame planuojama įkurti Turizmo informacijos centrą, apžvalgos aikštelę. Antruoju etapu bus projektuojama pati bažnyčia. Paskutinis etapas bus skirtas bažnyčios interjerui ir aplinkai projektuoti.
Bažnyčia bus atstatoma tokio pat dydžio ir išvaizdos, kokia stovėjo iki sunaikinimo Antrojo pasaulinio karo pabaigoje. Skaičiuojama, jog bokšto projektavimo etapas kainuos apie 169 tūkst. eurų, o atstatymas – apie 3 mln. eurų.